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生物形態分析軟件助手ntsyspc 2.21官方版

平臺:Win2k/XP/2003/Vista/Win7 體積:1.70 MB 更新時間:2018-5-16 20:31:00
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  • ntsyspc是一款免費分子生物形態分析軟件,該分子生物形態分析工具能夠用于研究數據點樣本,這些樣本可能來自兩個或多個不同的群體,或使用鄰接法或UPGMA方法構建聚類圖來評估進化樹。同樣能夠用于發現某些子集中的變異是相互關聯的。推薦給有需要的朋友使用。

    功能介紹:

    1、相似性和差異性:關聯性,距離,34個相關系數和11個遺傳距離系數。

    2.聚類:幾種形式的SAHN方法(可以是多種關系),鄰接方法以及UPGMA和其他分層結構的共同樹。

    3,圖論方法:生成樹的最短長度并用相鄰方法繪制圖片(可以是無根系統樹)。

    4.排序:主成分或主坐標分析,對應分析,度量和非度量的多尺度分析,奇異值分析和Burnaby方法,典型分布的隨機分析,解決方案的多因素分析,常用主成分分析,偏最小二乘,多重相關和典型相關。

    5.圖像交互:特征圖,物種樹,二維散點圖,相似性和差異矩陣的比較,傅立葉輪廓圖,Procrustes圖和三維視點圖。

    6.多元測試:典型變量分析,協方差矩陣測試,維度測試,廣義多元回歸分析。還有教程和模擬實驗。

    7.幾何測量:包括用于Procrustes分析的特殊組件,用于疊加關鍵結構,繪制Procrutes分析結果,繪制輪廓圖和輪廓圖(包括2D和3D橢圓圖)的傅里葉系數以及部分2D和3D彎曲系數,并估計制服部分。

    8.其他:矩陣比較采用相同的表示法,Mantel測試,3-way Mantel測試,數據標準化和矩陣轉換。矩陣可以拆分或合并。

    使用方法:

    一、數據的處理

    1、讀板

    2、把每一個引物的讀板數據用Excel表格排成一列:

    eg:10個材料用satt140讀出5個多態性位點應列表—

    3、再把上表列成NTSYS能識別的格式—

    eg:10個材料用satt140讀出5個多態性位點應列表—

    (有帶讀1、無帶讀0、缺失讀999)

    注:一般情況下不只是satt140一個引物,而是多個引物,則應該把各個引物的如上數據合

    成在一個工作簿中,并只保存一個工作表sheet1,輸入完畢后,將文件以Microsoft excel 5.0/95工作薄的格式存盤,如下圖——(這樣就可以用NTSYS-pc分析)

    二、NTSYSpc用法

    1、生成矩陣:在excel按如下規則輸入數據,A1=1表示有帶記為1,B1=10表示擴增的總條帶數, C1=5表示樣本數,D1=0表示無帶記為0。第二行表示的是樣本名稱。從第三行開始的A列表示引物名稱。見下圖:

    輸入完畢后,將文件以Microsoft excel 5.0/95工作薄的格式存盤。并且只能保存sheet1一個工作簿。(注:這里的B1和C1顛倒,應該在qualitative data一步中選by rows)

    2、生成系統樹:

    打開NTSYS-PC程序,點擊similarity出現如下界面

    ntsyspc(分子生物學分析軟件) v2.10e

    點擊input file,打開生成的excel文件,點擊out file起一個文件名(假設叫A),然后點擊compute按鈕。繼續點擊clustering,出現下面的界面,

    再點SHAN,出現如下界面:

    點擊input file,打開文件A,點擊out file起一個文件名(假設叫B),然后點擊compute按鈕。然后點Graphics

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